Mặc dù, Giải Vô địch Cờ vua trẻ toàn quốc năm 2006 chưa kết thúc (diễn ra từ ngày 15 đến 29/7 tại Đà Nẵng, riêng nội dung Cờ truyền thống đã hoàn thành trong ngày 24), nhưng theo đánh giá của giới chuyên môn và thậm chí của cả những người trong BTC, về cơ bản công tác tổ chức Giải đấu là chưa đạt yêu cầu.
Tham dự Giải có hơn 400 VĐV (bao gồm cả nam và nữ, thi đấu ở 3 nội dung: Cờ truyền thống, Cờ nhanh và Cờ chớp. Các VĐV thi đấu theo 7 nhóm tuổi: U7, U9. U11, U13, U15, U17 và U20). Với số lượng VĐV lớn như vậy đã gây nên nhiều khó khăn cho việc sắp xếp, bố trí địa điểm thi đấu cũng như điều kiện sinh hoạt cho các Đoàn tại Giải. Địa điểm thi đấu là các phòng thuộc tầng hầm bên phải khán đài A của SVĐ Chi Lăng (rất nhỏ và không có điều hòa). Giải đấu được chia ra thành nhiều nhóm tuổi nên đòi hỏi phải có diện tích thi đấu rộng. Mặc dù, đã huy động tối đa các phòng (cả ở tầng 1 và tầng 2) nhưng vẫn không đáp ứng đủ cho số VĐV tham dự. Các VĐV phải ngồi ghép với nhau, 2 dãy bàn san sát những ghế rất chật chội tạo nên một không gian bí bách và ngột ngạt.
Ông Nguyễn Minh Thắng, chuyên viên Bộ môn Cờ Uỷ ban TDTT, thành viên BTC Giải đã thẳng thắn trao đổi với phóng viên: "Công tác tổ chức Giải năm nay phải nói thật là không đạt tiêu chuẩn. Trước hết phải kể đến khâu bố trí địa điểm thi đấu quá hẹp và nóng bức gây ảnh hưởng lớn tới thành tích của VĐV. BTC đã không dám cho các VĐV thi đấu 2 ván/ngày vì sợ rằng với mật độ như vậy các VĐV sẽ rất mệt mỏi, thi đấu kém chất lượng. Chính điều này đã khiến cho Giải đấu phải kéo dài tới nửa tháng, gây tốn kém không nhỏ cho các đoàn và BTC. Hơn nữa, thời tiết tại Đà Nẵng trong những ngày này quá nóng bức, nhiệt độ lên tới 300c, trong phòng lại không có điều hoà nên tình trạng các VĐV đang thi đấu đi ra ngoài để uống nước và thư giãn tương đối nhiều làm ảnh hưởng tới tâm lý thi đấu của các VĐV khác, nhất là đối với lứa tuổi nhỏ"
Thiết nghĩ, để Giải đấu đạt được kết quả tốt thì công tác tổ chức phải đặc biệt được coi trọng, bởi các yếu tố khách quan ảnh hưởng rất lớn đến thành tích thi đấu của các VĐV và chất lượng của Giải. Đây cũng là lần đầu tiên đơn vị Đà Nẵng đăng cai tổ chức một Giải đấu lớn như vậy nên khó tránh khỏi những thiếu sót. Hy vọng rằng, trong những Giải đấu tiếp theo,các đơn vị tổ chức sẽ không để xảy ra tình trạng như trên và hoàn thành tốt các mục tiêu đã đề ra.
NTH