Trong chiến lược ổn định và phát triển kinh tế - xã hội đến năm 2000 được Đại hội Đảng VII thông qua ghi: "Xây dựng phong trào toàn dân rèn luyện thân thể, hoạt động Thể dục Thể thao, nhất là trong thanh thiếu niên; kết hợp phổ cập và nâng cao. Phát triển các CLB Thể dục Thể thao hoạt động theo nguyên tắc tự quản và tự bù đắp chi phí, có sự quản lý và tài trợ một phần cần thiết của Nhà nước."
Thực hiện đường lối đổi mới công tác Thể dục Thể thao, Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) chỉ đạo Ngành Thể dục Thể thao xây dựng "Quy hoạch phát triển Thể dục Thể thao giai đoạn 1986 - 2000" và ban hành Chỉ thị 112/CT ngày 9/5/1989" về công tác Thể dục Thể thao trong những năm trước mắt". Trong đó, Chính phủ đã tăng cường chỉ đạo nhằm nâng cao chất lượng giáo dục thể chất trong nhà trường. Đồng thời, Chỉ thị đánh giá ưu điểm và yếu kém của Thể dục Thể thao những năm trước trong đó nêu rõ "việc tổ chức và quản lý các hoạt động Thể dục Thể thao vẫn mang tính hành chính, bao cấp, chưa huy động được sự tham gia đông đảo và tích cực của nhân dân".
Trong giai đoạn này, lần đầu tiên, Bộ Giáo dục và Đào tạo đã chỉ đạo xây dựng quy hoạch phát triển sự nghiệp giáo dục thể chất và Thể thao trong toàn ngành. Nhờ vậy, đội ngũ giáo viên, cơ sở sân bãi tập TDTT, tài liệu chương trình, sách giáo khoa... đều được quan tâm rõ rệt trong kế hoạch hàng năm. Cùng với đó, Bộ Giáo dục và Đào tạo chỉ đạo xây dựng " Chương trình quốc gia môn học thể dục". Chương trình này bắt đầu thực hiện từ năm 1996 trong xu thế "giảm tải" chương trình học phổ thông ở các cấp phổ thông cơ sở. Năm 1997, Ủy ban Thể dục Thể thao đã phối hợp chỉ đạo công tác giáo dục thể chất và hoạt động Thể dục Thể thao trong Ngành giáo dục phổ thông lên bước phát triển mới.
Ở giai đoạn này, tổ chức thành công Hội khỏe Phù Đổng toàn quốc lần thứ III tại Tp. Đà Nẵng vào tháng 7/1992, có 9 môn thi như năm 1987, nhưng không có môn Thể dục dụng cụ, thay vào đó là môn Đá cầu. Hội khỏe Phù Đổng toàn quốc lần thứ IV tổ chức tại Tp. Hải Phòng vào tháng 8/1996. Hội khỏe Phù Đổng lần này đã tăng thêm môn Bắn nỏ để khích lệ sự tham gia của đông đảo học sinh dân tộc nội trú. Năm 2000, tại Hội khỏe Phù Đổng toàn quốc lần thứ V ở Thị xã Cao lãnh (Đồng Tháp), đã tổ chức Hội nghị toàn quốc và thống nhất nhận định rằng: Gần 100 các địa phương triển khai giảng dậy môn thể dục ở nhà trường các cấp một cách khá nề nếp, phổ biến nhất là đảm bảo chương trình quy định của Bộ là 2 tiết/tuần. Ở vùng sâu, vùng xa, vùng núi cao do thiếu giáo viên và sân bãi nên học Thể dục chỉ thực hiện 1 tiết/tuần. Đến năm 2000, số trường dạy đủ chương trình quy định của Bộ ở cấp tiểu học là 91.28%, phổ thông cơ sở là 90,97%, phổ thông trung học là 92,88%. 50% số trường học có sân bãi đơn giản, 127 nhà tập đa năng; số môn Thể thao ngoại khóa được học sinh tập luyện hàng ngày với nhiều hình thức là 15 - 16 môn.
Từ thực tế phát triển Thể thao trong các trường, tổ chức giải vô địch từng môn, tham gia các cuộc thi đấu quốc tế, đặc biệt là Đại hội TDTT toàn quốc năm 1995, Ngành Giáo dục - Đào tạo bắt đầu tổ chức các Đại hội Thể thao sinh viên toàn quốc. Từ năm 1996, sau khi gia nhập Hội đồng Thể thao học sinh Phổ thông Đông Nam Á (ASSG), đoàn Thể thao học sinh nước ta tham gia các giải ở Đông Nam Á và châu Á. Năm 1997, Việt Nam đã đăng cai giải vô địch Cầu lông, và năm 1998 - đăng cai giải Bóng bàn học sinh ASEAN.
Đối với Thể thao lực lượng vũ trang, tổ chức hiệu quả thành công Đại hội Thể dục Thể thao và Hội thi Thể thao quốc phòng toàn dân lần thứ 1 (còn được gọi là Đại hội TDTT quần chúng lực lượng vũ trang) được tổ chức năm 1989. Tiếp đó là Đại hội TDTT toàn quân lần thứ 3 và thứ 4. Lực lượng Công an Nhân dân, vào những năm 1990, Ngành Công an có những VĐV xuất sắc đóng góp lớn cho đội tuyển quốc gia và tổ chức thành công Đại hội Khỏe "Vì an ninh Tổ quốc" lần thứ 3 và thứ 4.
Cùng với đó Thể thao thành tích cao ở giai đoạn này có nhiều khởi sắc khi đất nước bước vào con đường đổi mới. Từ năm 1989, Việt Nam tham gia liên tục các Đại hội Thể thao các nước Đông Nam Á (SEA Games) với chu kỳ 2 năm một lần. Nhìn tổng quát, Thể thao Việt Nam đã nhanh chóng hội nhập với Thể thao Đông Nam Á và tiến bộ vượt bậc, thường xuyên đứng trong top 3 các nước tham gia. Việt Nam cũng tham gia và đã đăng cai tổ chức nhiều giải Thể thao từng môn quy mô khu vực, châu lục, thế giới và giành nhiều vị trí đáng kể.
Điều đáng chú ý của Thể thao thành tích cao trong giai đoạn này chính là tổ chức thành công Đại hội TDTT toàn quốc lần thứ 2 năm 1990 đã có tới 25 kỷ lục quốc gia mới được thiết lập tập trung ở 3 môn Bắn súng, Bơi lặn, Điền kinh. Chỉ sau đó 5 năm, tại Đại hội TDTT toàn quốc lần thứ 3 năm 1995, con số phá kỷ lục quốc gia do các VĐV thiết lập đã tăng gần gấp đôi với 42 kỷ lục quốc gia mới từ 3 môn thể thao ở kỳ Đại hội trước thì ở kỳ Đại hội này có thêm môn Cử tạ. Đây đều là những môn Thể thao trọng điểm nằm trong hệ thống thi đấu của Olympic.
Năm 1993, thành công của kỳ thủ cờ Vua Đào Thiên Hải đã giành ngôi vô địch thế giới Cờ vua lứa tuổi U16. Đây được coi như danh hiệu vô địch thế giới về Thể thao đầu tiên của Việt Nam. Sau này, Thiên Hải cũng là người Việt Nam đầu tiên đạt danh hiệu Đại kiện tướng quốc tế. Đoàn VĐV Wushu Việt Nam lập thành tích xuất sắc tại giải vô địch Wushu thế giới: Nguyễn Thúy Hiền 14 tuổi vô địch nội dung Đao thuật; Mai Thanh Ba - vô địch nội dung Tán Thủ hạng 56 kg...
Như vậy, sau hơn 10 năm thực hiện đổi mới và hội nhập với Thể thao khu vực, Thể thao Việt Nam từ vị trí thứ 7/7 nước tham dự SEA Games 15 năm 1989 tại Kuala Lumpur, đã tiến tới đứng thứ 4/9 nước ở SEA Games 21 năm 2001 cũng ở Kuala Lumpur. Như vậy, trong quãng thời gian từ 1989 tới 2001 Thể thao Việt Nam từ vị trí thấp nhất để vươn lên đứng thứ 4, và cho đến SEA Games năm 2003 ở Việt Nam thì lên vị trí thứ nhất.
Kết quả này thể hiện sự tiến bộ của Thể thao Việt Nam và đó là thành quả của nhiều năm thực hiện chương trình mục tiêu quốc gia của ngành Thể thao từ năm 1994 tới năm 1997, và sau đó nữa là chương trình Thể thao quốc gia mà Chính phủ cho phép từ năm 1998 tới năm 2001.
Trong suốt quãng thời gian này, số lượng VĐV Thể thao thành tích cao tăng nhanh, cụ thể khoảng 30.000 VĐV (đội tuyển và tuyển trẻ), trong khi năm 1994 chỉ có 4.000 VĐV. Và trong 30.000 VĐV ấy thì có 1.000 VĐV ưu tú có thể tham gia thi đấu khu vực và quốc tế. Chúng ta cũng đào tạo được khoảng 3.500 VĐV trẻ của các môn Thể thao; số lượng các môn Thể thao tăng lên nhanh. Năm 1990 cả nước có 15 môn Thể thao ở Đại hội TDTT toàn quốc, năm 1998 đã lên tới 20 môn, và đến năm 2002 tăng lên 25 môn. Bên cạnh đó, có một số môn Thể thao mới phát triển đạt được thành tích tốt, chẳng hạn như là Cử tạ, Đua thuyền (Canoeing, Rowing), Vật tự do nữ, Boxing….
Thêm điểm nổi bật nữa thể hiện sự tiến bộ của Thể thao Việt Nam ở giai đoàn này là đã có tới 60 tỉnh, thành và ngành trong cả nước đào tạo VĐV Thể thao thành tích cao. Trước đây chỉ có trên dưới 10 tỉnh, thành, ngành chú trọng công tác Thể thao thành tích cao, và chỉ tập trung ở những thành phố lớn như Hà Nội, Tp. Hồ Chí Minh, Hải Phòng, hoặc ngành Quân đội… Đặc biệt, trong giai đoạn đã có 40 đơn vị, địa phương có VĐV giành được HCV cấp khu vực, châu lục và thế giới, không chỉ gói gọn ở Hà Nội hay Tp. Hồ Chí Minh.
N. H