Nhằm tạo thêm cơ hội tuyển chọn những VĐV tài năng cho thể thao trường học tại Tp. Cần Thơ, đồng thời là bước tập dượt, rút kinh nghiệm về công tác tổ chức để Cần Thơ tổ chức thành công việc đăng cai Hội khỏe Phù Đổng toàn quốc 2012. Theo đó, Tp. Cần Thơ sẽ tổ chức 3 kỳ Hội khỏe Phù Đổng cấp thành phố vào các năm 2009, 2010 và 2011 (trước đây hai năm một lần).
Hội khỏe Phù Đổng TP Cần Thơ 2009 sẽ diễn ra từ 17/3 đến 21/3/2009, chủ yếu ở Khu Liên hợp TDTT với nhiều môn thi đấu trong khuôn khổ Hội khỏe Phù Đổng toàn quốc 2012 sẽ được đưa vào thi đấu như: Bóng đá tiểu học, Điền kinh tiểu học, trung học cơ sở, Bóng bàn... Tại cuộc họp ban tổ chức Hội khoẻ Phù Đổng toàn quốc 2012, ông Tô Minh Giới - Phó Chủ tịch UBND Tp. Cần Thơ yêu cầu tất cả các ngành hữu quan cử cán bộ trực tiếp theo dõi Hội khỏe Phù Đổng Tp. Cần Thơ 2009 để nắm sát thực tế, phối hợp tốt hơn trong công tác tổ chức, kịp thời tham mưu cho Ban tổ chức Hội khỏe Phù Đổng toàn quốc 2012. Sau hội khỏe Phù Đổng Tp. Cần Thơ 2009, một số VĐV xuất sắc sẽ được lựa chọn, tập luyện thường xuyên ở Trường trung học phổ thông năng khiếu Thể dục Thể thao Cần Thơ để chuẩn bị cho Hội khỏe Phù Đổng toàn quốc 2012.
Lam Hậu Giang