Cơn bão số 6 đã đổ vào khu vực thành phố Đà Nẵng lúc 1h00 ngày 01/10/2006. Mặc dù đã được dự báo và thực hiện các biện pháp phòng, tránh nhưng do bão quá lớn và kéo dài nhiều giờ tại khu vực thành phố Đà Nẵng nên hệ thống cơ sở vật chất trên địa bàn thành phố hầu như đều bị hư hại.
Là một đơn vị trực thuộc Uỷ ban TDTT, Trường Cao đẳng TDTT Đà Nẵng và TTHLTTQG III (số 44 Dũng Sỹ Thanh Khê - thành phố Đà Nẵng) nằm cách bờ biển 600m đã bị ảnh hưởng trực tiếp và gây thiệt hại lớn. Ước tính, cơ sở vật chất tại nhà trường và TTHLTTQG III bị thiệt hại lên tới hơn 10 tỷ đồng.
Được sự quan tâm, chỉ đạo của lãnh đạo nhà trường và TTHLTTQG III cùng sự phối hợp của cơ quản chủ quản, một số biện pháp phòng, tránh đã thực hiện như di dời dân tới nơi an toàn để tránh bão; trước đó, Hiệu trưởng trường Cao đẳng TDTT Đà Nẵng đã ra thông báo số 501/TB-CĐĐN về việc phòng, chống lụt, giảm nhẹ thiên tai. Nhằm giảm thiếu tối đa thiệt hại, nhà trường đã huy động lực lượng viên chức, đoàn viên cùng tham gia các hoạt động tránh báo, các cây có nguy cơ gãy ngã đều được cưa cắt; các bộ phận của nhà trường và Trung tâm đã kiểm tra lại hệ thống cửa, tắt các dụng cụ sử dụng điện, đảm bảo an toàn tài sản, thiết bị... Lực lượng bảo vệ chuyên trách nêu cao tinh thần trách nhiệm trước khó khăn trong khi thực hiện nhiệm vụ và có những thông báo kịp thời về tình hình sự cố xảy ra lên Ban chỉ huy của cơ quan. Đồng thời, cán bộ chủ chốt của nhà trường và Trung tâm đảm bảo thông tin liên lạc cần thiết để nhận biết tình hình và có những biện pháp chỉ đạo kịp thời... Mặc dù đã được thực hiện tốt các biện pháp phòng, tránh báo nhưng Đà Nẵng là tâm bão nên tính đến thời điểm này Trường Cao đẳng TDTT Đà Nẵng và TTHLTTQG III đã thiệt hại nặng về cơ sở vật chất.
Trong báo cáo mới nhất của ông Lê Tấn Đạt - Hiệu trưởng trường Cao đẳng TDTT Đà Nẵng, Giám đốc TTHLTTQG III với Uỷ ban TDTT, tất cả hệ thống mái che bằng tôn và ngói của nhà trường và TTHLTTQG III đều bị tốc. Toàn bộ hệ thống trần dưới mái và các thiết bị văn phòng đã bị hỏng nặng do bão và mưa dầm. Do gió quá mạnh nên một số cửa kính sắt, khung nhôm kính bị vỡ, hệ thống đèn, điện bị gãy vỡ. Nước biển dâng cao, bị ngập trong nhiều giờ cộng với gió mạnh đã làm đổ sập tường rào dọc sông Song Phát, các cơ sở vật chất trong kho đã bị hư hỏng, đường chạy sân Điền kinh bị bong dộp toàn bộ lớp phủ nhựa tổng hợp... Các công trình xây dựng và trang thiết bị phục vụ cho công tác, giảng dạy và tập luyện của nhà trường và Trung tâm; nhà ở của tập thể cán bộ tại đây cũng đã bị hư hỏng nặng.
Cơn bão số 6 đi qua đã gây ra thiệt hại lớn cho nhân dân miền Trung và một số tỉnh Tây Nguyên nói chung và Trường Cao đẳng TDTT, TTHLTTQG III nói riêng, công tác khắc phục hậu quả đang được các cơ quan liên quan tích cực thực hiện để các đơn vị sớm ổn định và tiếp tục đi vào hoạt động.