Fifa tuyên bố không chấp nhận kết quả trận đấu và buộc 2 đội phải thi đấu lại sau sai lầm của trọng tài. Cơ quan quản lý Bóng đá cấp cao nhất đã kết luận trọng tài người Nhật Bản, Toshimitsu Yoshida, đã phạm phải lỗi kỹ thuật trong việc không công nhận quả phạt đền cho đội Uzbekistan mà cho đội Bahrain phát bóng lên thay vì thực hiện lại quả sút phạt đền. Lỗi kỹ thuật này cũng đã được quan chức giám sát trận đấu và giám sát trọng tài khẳng định trong báo cáo riêng của họ sau trận đấu.
Kết quả chiến thắng 1-0 của chủ nhà Uzbekistan cũng không được công nhận và kết quả trận đấu lượt về vào ngày 7/9 cũng bị hoãn lại. Thay vào đó, trận đấu lượt đi và về sẽ được đấu lại vào ngày 8 và 12/10. “ Xét vấn đề một cách cụ thể thì trọng tài quả thực đã phạm phải lỗi kỹ thuật. Đây là sai sót trầm trọng và vì vậy trận đấu cần phải được đá lại” – FIFA đưa ra tuyên bố. Vào phút 39 của trận đấu, trong nỗ lực ngăn cản cú đánh đầu của tiền đạo Maksim Shatskikh, trung vệ Mohamed Juma của Bahrain đã để bóng chạm tay và trọng tài người Nhật Bản đã cho Uzbekistan được hưởng qủa phạt đền. Nhưng ngay khi Djeparov sút tung lưới Bahrain thì tiếng còi của trọng tài cất lên, nhưng không phải là công nhận tỷ số mà cho đội khách được hưởng quả phát bóng lên.” Trong tình huống như thế, trong luật Bóng đá trọng tài được phép cho đội bóng thực hiện lại quả phạt đền” FIFA tuyên bố. Phán quyết về trận đấu này của FIFA cũng được ngài Chủ tịch Ban tổ chức World Cup 2006, Lennart Johansson, đồng tình. Tuy nhiên, Uzbekistan không hài lòng với phán quyết này, nhất là sau khi FIFA từ chối yêu cầu của họ được xử thắng với tỷ số là 3-0. “ Rõ ràng là điều đó không công bằng cho chúng tôi khi phải đá lại cả trận đấu sau thắng lợi 1-0 và cả việc cướp đi quả phạt đền thành công của chúng tôi - Sanjar Rizayev, phát ngôn viên của Liên đoàn Bóng đá Uzbekistan (UFF), nói - FIFA đã không xử thắng 3-0 như chúng tôi đã đề nghị. Chúng tôi yêu cầu trận đấu lượt đi được đá lại bắt đầu từ phút thứ 38 bằng việc đá lại quả phạt đền”. Rizayev nói thêm: các quan chức của UFF sẽ tham dự cuộc họp của FIFA tổ chức tại Morocco vào ngày 10/9 tới đây và sẽ vận động hành lang tại hội nghị để trận đấu được đá lại từ quả phạt đền với tỷ số 1-0 hiện đang nghiêng về Uzbekistan lúc đó. Còn đối với trọng tài Yoshida, sau trận đấu ông không đưa ra lời bình luận nào về quyết định của mình. Ông nói với hãng tin Reuters: “ Lúc đó tôi đã không đứng ở vị trí để đưa ra nhận định đúng đối với trường hợp này. Liên đoàn Bóng đá Nhật Bản vẫn chưa liên hệ với tôi. Vì vậy, sẽ là sai lầm khi bình luận bất cứ điều gì”.
Một lần nữa bản lĩnh của các ông vua sân cỏ trong những trận đấu lớn và quan trọng được cảnh báo.