Theo quy chế hoạt động của Ban chỉ đạo, Ban Chỉ đạo họp định kỳ 6 tháng một lần và họp bất thường khi cần thiết theo quyết định của Trưởng ban. Trường hợp cần thiết, Trưởng Ban Chỉ đạo có thể lấy ý kiến tham gia của các thành viên bằng văn bản thay cho tổ chức họp. Quy chế hoạt động cũng đề ra trách nhiệm và quyền hạn của từng thành viên trong Ban chỉ đạo.
Theo đó, Trưởng ban chỉ đạo là Bộ trưởng Bộ VHTTDL Hoàng Tuấn Anh chịu trách nhiệm trước Thủ tướng, Phó Thủ tướng Chính phủ về toàn bộ hoạt động của Ban Chỉ đạo; Lãnh đạo, điều hành mọi hoạt động của Ban Chỉ đạo; Phân công nhiệm vụ cụ thể cho các thành viên Ban Chỉ đạo; Triệu tập và chủ trì các cuộc họp định kỳ, đột xuất của Ban Chỉ đạo; Ký các quyết định, văn bản của Ban Chỉ đạo quy định tại Khoản 2 Điều 3; Quyết định về việc thay đổi, bổ sung, kiện toàn các thành viên Ban Chỉ đạo theo đề nghị của Thủ trưởng các cơ quan liên quan; Quyết định thành lập Tổ, Nhóm công tác khi cần thiết; Trong trường hợp cần thiết, ủy quyền cho Phó Trưởng ban giải quyết công việc thuộc thẩm quyền của mình.
Tổng cục Thể dục thể thao với vai trò Cơ quan thường trực Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ bố trí cán bộ và điều kiện vật chất đảm bảo hoạt động hiệu quả của Ban Chỉ đạo, bao gồm: Chủ trì xây dựng, trình Ban Chỉ đạo kế hoạch tổ chức Đại hội Thể thao Bãi biển châu Á lần thứ 5 năm 2016 tại Việt Nam và tổ chức triển khai sau khi được phê duyệt; Chuẩn bị nội dung, chương trình, tổ chức các cuộc họp, hội thảo, hội nghị, các chuyến công tác thực địa của Ban Chỉ đạo, Thường trực Ban Chỉ đạo; Làm đầu mối tổ chức và triển khai các hoạt động đối ngoại của Ban Chỉ đạo và thực hiện các nhiệm vụ khác do Ban Chỉ đạo phân công.
Ban tổ chức ABG 5 do Thứ trưởng Bộ VHTTDL Lê Khánh Hải làm Trưởng ban. Phó trưởng ban thường trực là Tổng cục trưởng Tổng cục TDTT Vương Bích Thắng cùng các Phó Trưởng ban: Tổng cục trưởng Tổng cục Du lịch Nguyễn Văn Tuấn; Phó Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh Khánh Hòa; Phó Chủ tịch Ủy ban nhân dân thành phố Đà Nẵng; Phó Chủ tịch Ủy ban Olympic Việt Nam Hoàng Vĩnh Giang và các uỷ viên.
Ban Tổ chức ABG5 được thành lập nhằm tăng cường sự phối hợp hành động giữa các Bộ, ngành, địa phương trong việc triển khai Đề án tổ chức Đại hội Thể thao Bãi biển Châu Á lần thứ 5 tại Việt Nam được phê duyệt tại Quyết định số 236/QĐ-TTg ngày 28 tháng 01 năm 2013 của Thủ tướng Chính phủ.
KC